Ontology

Mem attribue un type à chaque entité extraite. Par défaut, il utilise des termes génériques comme concept, product, method ou term. Cela suffit à la plupart des utilisateurs. Vous pouvez aussi ne rien configurer : aucune fonctionnalité existante ne disparaît.

Les domaines spécialisés ont toutefois leur propre vocabulaire. Une équipe de recherche sur les anticorps ne travaille pas avec de simples products et concepts, mais avec des cell lines, assays, antibodies, targets, protocols et instruments. Une équipe juridique utilise plutôt des matters, clients, opposing parties, statutes, filings et deadlines.

Ontology permet de transmettre ce vocabulaire métier à Mem. Une fois configurée, l’extraction raisonne avec vos termes, un même objet réel risque moins d’être classé sous deux types différents, et vous pouvez parcourir ou interroger le graphe par type.

Où la trouver

Ouvrez Graph, puis choisissez Types dans le panneau de droite.

Ontology n’est pas un écran de réglages séparé du graphe. Un type affirme ce que sont réellement les objets du graphe ; il est donc plus simple de le juger en regardant les entités concernées. L’onglet Types active cette vue. Lorsque vous le quittez, le graphe retrouve son affichage habituel.

Première action utile

Ouvrez Graph → Types. Si aucune Ontology n’est encore configurée, toutes les entités déjà extraites apparaissent en gris, regroupées selon les termes génériques employés par Mem.

Décrivez votre activité en une phrase, par exemple : “We are an antibody discovery team.”

Mem lit votre véritable graphe, prépare une Ontology à partir des mots qui s’y trouvent déjà et indique combien d’entités chaque type proposé couvrirait. Acceptez le brouillon : le canevas se réorganise avec vos types et leurs couleurs.

La configuration initiale s’arrête là. Aucun formulaire vide à remplir, aucun schema à concevoir.

Lire le canevas

Lorsque l’Ontology existe, la vue des types la rend visible directement.

• La couleur indique le type. Chaque type possède une couleur, appliquée à toutes les entités qui en relèvent.
• Le gris signale ce que l’Ontology ne couvre pas encore. Les termes déjà employés par Mem mais absents de votre vocabulaire restent gris. Ils constituent une liste de travail visible, pas une erreur cachée.
• Le reste passe à l’arrière-plan. Les Memories, Threads et documents s’assombrissent afin de laisser la place aux entités.
• Une zone n’apparaît que si les entités forment réellement un groupe. Mem dessine et nomme une région lorsqu’un type est regroupé dans le graphe. Sinon, il n’invente pas de frontière pour améliorer l’apparence.

Survolez un type pour mettre en évidence les entités correspondantes. Cliquez pour centrer la vue sur elles, puis cliquez de nouveau pour libérer la sélection.

Ajouter un terme à l’Ontology

Deux méthodes sont disponibles, chacune en un seul geste.

Le déposer sur un type existant. Faites glisser un terme gris sur un type coloré. Mem l’enregistre comme une autre écriture de ce type. Si des entités utilisent déjà l’ancien terme, Mem affiche d’abord le résultat de la migration et vous laisse décider de l’appliquer.

Le conserver comme type indépendant. Si ce terme mérite son propre type, ajoutez-le directement à l’Ontology comme nouveau type.

Suggestions

Mem observe l’évolution de votre vocabulaire et propose de petites corrections : deux types qui désignent la même chose, un terme récurrent qui mérite de devenir un type, ou une variante qui revient souvent. Chaque suggestion explique sa raison en une phrase. Son survol montre les entités concernées.

Mem ne modifie jamais l’Ontology sans votre accord.

Déplacer des entités existantes

Renommer un type ne réécrit pas immédiatement le graphe. Mem prévisualise la migration sur les vrais nœuds : les entités concernées prennent leur future couleur et un décompte précis est affiché. Confirmez pour les déplacer ; refusez et rien ne change.

Si une entité du même nom existe déjà dans le type cible, Mem ignore le conflit et indique combien d’éléments ont été écartés.

Ce que Mem ne fait pas

• Ontology n’est jamais obligatoire. Sans configuration, Mem continue de fonctionner comme avant.
• Un terme absent de l’Ontology ne bloque jamais l’extraction. Il est enregistré et affiché, sans être rejeté ni rangé silencieusement dans un type inventé.
• Mem ne modifie pas l’Ontology de sa propre initiative. Toutes les suggestions attendent votre validation.
• Les anciens termes ne sont jamais perdus. Les types retirés restent disponibles comme alias, afin que les anciennes exportations puissent être réimportées.

Depuis le terminal

Les mêmes opérations sont disponibles en ligne de commande.

nmem ontology show                          # types, coverage, and unclaimed words
nmem ontology draft "antibody discovery lab" # draft one from your graph
nmem ontology proposals                     # the review queue
nmem ontology accept <id>
nmem ontology retype --from CELLLINE --to CELL_LINE   # preview
nmem ontology retype --from CELLLINE --to CELL_LINE --apply

Toute modification de données exige une confirmation explicite. draft affiche la commande nécessaire pour appliquer le brouillon. retype ne fait qu’une prévisualisation tant que vous ne passez pas --apply.

Pour vos outils d’IA

Les Agents connectés par MCP peuvent lire et respecter ce vocabulaire. ontology_read renvoie les types, leurs descriptions et leurs exemples. entity_search cherche une entité réutilisable avant toute écriture. ontology_propose place une suggestion dans votre file de révision.

Un Agent peut proposer ; vous seul pouvez modifier l’Ontology.

Prérequis

La création conversationnelle du brouillon et les suggestions automatiques demandent un modèle capable d’appeler des outils, via un fournisseur distant ou Nowledge AI. La consultation et la modification manuelles de l’Ontology fonctionnent partout.