Ontology

Mem 會為提取出的每個實體分配類型。預設使用 concept、product、method、term 這類通用詞彙。對大多數人來說，這已經足夠；即使不設定 Ontology，也不會失去任何既有功能。

但專業領域通常有自己的名詞。抗體研發團隊關心的不是籠統的 product 和 concept，而是 cell line、assay、antibody、target、protocol 和 instrument。訴訟團隊使用的則是 matter、client、opposing party、statute、filing 和 deadline。

Ontology 是你交給 Mem 的領域詞彙體系。設定後，實體提取會使用你的詞彙來推理；同一個現實對象不容易被歸入兩種不同類型；知識圖譜也能按照這些類型來查看和提問。

從哪裡開啟

開啟 Graph，然後在右側面板選擇 Types。

Ontology 不是一個與圖譜分開的設定頁面。實體類型描述的是圖譜裡的對象究竟是什麼，最適合在看到真實實體時判斷。開啟 Types 會啟用類型檢視；離開後，圖譜會恢復原本的顯示方式。

第一次怎麼用

開啟 Graph → Types。如果你還沒有設定 Ontology，頁面會如實顯示 Mem 已經提取出的所有實體：它們暫時是灰色的，並按照 Mem 當時使用的通用類型分組。

用一句話說明你的工作領域，例如：“We are an antibody discovery team.”

Mem 會讀取你的實際知識圖譜，從已經出現的詞彙中產生一份 Ontology 草案，並顯示每個建議類型能覆蓋多少實體。接受草案後，畫布就會按照你的類型和顏色重新組織。

第一次設定到這裡就完成了，不必面對空白表單，也不用自行設計 schema。

怎麼讀這張圖

有了 Ontology 後，類型檢視會直接把它畫出來：

• 顏色代表類型判斷。 每種類型都有自己的顏色；屬於該類型的實體會使用同一種顏色。
• 灰色代表尚未納入 Ontology。 Mem 曾經產生、但你的詞彙體系還沒有覆蓋的類型會保持灰色。這些就是待處理項目，不會被藏起來。
• 其他內容會退到背景。 類型檢視開啟時，Memory、Thread 和文件會變暗，讓你專注於實體層。
• 區域只在確實成群時出現。 同一類型的實體在圖中聚集時，Mem 會畫出並標示區域；如果它們沒有形成區域，Mem 不會為了視覺效果憑空製造邊界。

將游標移到某個類型上，會醒目顯示它包含的實體。點擊類型，鏡頭會移到對應實體；再次點擊即可退出聚焦。

把一個詞納入 Ontology

有兩種方式，都只需要一個動作。

拖到既有類型上。 把一個灰色詞拖到某個彩色類型上。Mem 會把它記錄為該類型的另一種寫法。如果已有實體仍在使用舊寫法，Mem 會先展示遷移後的結果，再由你決定是否套用。

保留為獨立類型。 如果這個詞本身就應該是一種類型，可以直接把它納入 Ontology，作為新的獨立類型。

建議

Mem 會觀察詞彙變化，並提出小範圍修正：例如兩種類型其實表達同一件事、一個反覆出現的詞值得成為正式類型，或某種拼法持續出現。每項建議都會用一句話說明原因；將游標移上去，可以看到它會影響哪些實體。

沒有你的確認，Mem 不會自行修改 Ontology。

調整既有實體

重新命名類型不會直接改寫知識圖譜。Mem 會先在真實節點上預覽遷移：受影響的實體會顯示遷移後的顏色，同時提供準確數量。確認後才會正式移動；取消則不會產生任何變化。

如果目標類型下已經存在同名實體，Mem 會跳過衝突項目，並明確告訴你跳過了多少個。

Mem 不會做什麼

• 不會強制要求 Ontology。 不設定時，Mem 的行為和以前完全一致。
• 不會因為類型不在 Ontology 中而讓提取失敗。 新詞會被正常記錄並顯示出來，不會被拒絕，也不會被悄悄塞進一個虛構類型。
• 不會自行修改 Ontology。 所有建議都需要你確認。
• 不會丟棄舊詞。 停用的類型會永久保留為別名，因此舊資料匯出後仍能正常重新匯入。

從終端機操作

介面中的操作也可以透過命令完成：

nmem ontology show                          # types, coverage, and unclaimed words
nmem ontology draft "antibody discovery lab" # draft one from your graph
nmem ontology proposals                     # the review queue
nmem ontology accept <id>
nmem ontology retype --from CELLLINE --to CELL_LINE   # preview
nmem ontology retype --from CELLLINE --to CELL_LINE --apply

任何會修改資料的操作都需要明確確認。draft 會輸出套用草案所需的命令；retype 預設只預覽，只有傳入 --apply 才會真正執行。

給 AI 工具使用

透過 MCP 連接的 Agent 可以讀取並遵守這套詞彙：ontology_read 回傳類型、說明和範例；entity_search 在寫入前尋找可以重複使用的實體；ontology_propose 把建議放進你的審查佇列。

Agent 可以提出建議，只有你能修改 Ontology。

使用需求

透過對話產生草案和自動建議，需要支援工具呼叫的模型，例如遠端模型服務商或 Nowledge AI。手動查看和編輯 Ontology 不受此限制，所有環境都可以使用。